Le fonctionnement du Groupe Enfance est défini par un protocole d’engagement signé par l’ensemble des membres.
Depuis 2019 et le soutien du Groupe Enfance par l’Agence Française de Développement, une coordinatrice est chargée de l’animation et de la coordination du Groupe.
Chaque année, une assemblée plénière réunissant tous les dirigeants des associations membres fixe les grandes orientations du groupe pour l’année à venir, vote le budget et le rapport annuel. Lors de cette assemblée plénière, un comité de pilotage est élu pour l’année. Le comité de pilotage se réunit alors une fois par trimestre, pour assurer la mise en œuvre des orientations définies en plénière, et s’assure du respect des engagements pris auprès de l’AFD.
Pour mettre en œuvre ses activités, le Groupe Enfance est composé de trois groupes de travail, chacun piloté par un membre du comité de pilotage :