Le fonctionnement du Groupe Enfance est défini par un protocole d’engagement signé par l’ensemble des membres.
Depuis 2019 et le soutien du Groupe Enfance par l’Agence Française de Développement, une coordinatrice est chargée de l’animation et de la coordination du Groupe.
Lors de la première phase du projet (2019-2021), SOS Villages d’Enfants a été l’organisation porteuse du projet. Pour les deuxième (2022-2024) et troisième phases (2025-2027), la Coordination Humanitaire et Développement, un collectif composé d’une cinquantaine de membres, est l’ONG cheffe de file du GE.
Chaque année, une Assemblée plénière réunissant tous les dirigeant.e.s des associations membres fixe les grandes orientations du Groupe pour l’année à venir. Lors de la première Assemblée plénière du triennal, un comité de pilotage est élu pour les trois années du projet. Le comité de pilotage se réunit alors une fois par trimestre, pour assurer la mise en œuvre des orientations définies en plénière, et s’assure du respect des engagements pris auprès de l’AFD.
Pour mettre en œuvre ses activités, le Groupe Enfance est composé de deux groupes de travail, chacun piloté par un binôme de référents élus pour 3 ans.